全麦粉和等级粉的质量有很大的不同，因而在磨制过程中必须采取不同的加工方法。在研磨方面：磨制等级粉是把小麦破碎后从皮层上往下刮粉，把粉、麸分离开，因而在磨制过程中，要求使麸皮保持一定程度的完整，以利于对麸皮进行充分的剥刮和筛理。磨制全麦粉则不然，不需要分离粉、麸，只是把小麦全部粉碎成为面粉。因此，在磨制过程中，要求把麸皮磨得越碎越好，使麸皮和面粉混合在一起后成品颗粒大小均匀，从而提高成品质量和提高消化率。

　　由于麸皮的韧性要比胚乳强得多，粉碎麸皮要比粉碎胚乳困难得多，因而必须施加较大的压力（如适当对紧磨辊的轧距），加强机械的剪切作用，增加磨研次数，才能把麸皮粉碎到所需要的细度。

　　在筛理方面：磨制全麦粉和磨制标准粉也有很大的不同：在磨制标准粉时，对筛下物料的数量和质量都有适当的要求，既不能过高，又不能过低，既要照顾数量，又要照顾质量，两者都要达到所要求的标准；但磨制全麦粉，对筛下物料的数量和质量的要求就不是那样严格，而是在可能的条件下，要求把磨细的麸皮越提前筛出越好，筛出的越多越好，要使筛下物料尽量多些才好。因此，磨制全麦粉所配备的筛绢号码就不必像磨等级粉时那样复杂。

　　磨全麦粉只是要求把小麦粉碎并磨细到一定程度，在磨制过程中是如何把麸皮磨细的问题，而不是如何剥刮麸皮的问题。

　　含皮磨制全麦粉，一般是把麦粒破碎，再利用筛理的做用将面粉筛出，而脱皮加工的方法是先分离麦粒的外皮层，去除农药、微生物的残留，分离小麦腹沟中的泥土，然后再磨粉。这种加工全麦粉的方法可以提高面粉质量及出粉品率。